Le fonds d’affectation spéciale a pour principal objectif de contribuer à la destruction en toute sécurité de stocks de mines terrestres, d’armes et de munitions excédentaires et obsolètes. L’autre objectif est d’aider les pays où sont entrepris les projets (pays hôtes) à gérer les conséquences de la transformation de la défense grâce à des initiatives comme la reconversion des personnels militaires dégagés des cadres et la conversion de bases militaires à un usage civil.
La politique des fonds d’affectation spéciale fait partie intégrante de la politique de l’OTAN qui vise à développer une coopération pratique en matière de sécurité avec les partenaires. Tout pays partenaire qui a conclu avec l’OTAN un programme individuel de partenariat et de coopération peut introduire une demande d’aide. À l’origine, les fonds d’affectation spéciale étaient mis en place avec des partenaires euro-atlantiques dans le cadre du programme OTAN de Partenariat pour la paix. Cependant, au fil des ans, les fonds d’affectation spéciale ont aussi été mis à la disposition des pays de la région méditerranéenne et du Moyen-Orient élargi, qui participent au Dialogue méditerranéen de l’OTAN et à l’Initiative de coopération d’Istanbul, ainsi qu’à la disposition de l'Afghanistan. Plus récemment, à l’occasion du lancement de la nouvelle politique de partenariat de l’OTAN qui a été approuvée en avril 2011 à Berlin par les ministres des Affaires étrangères des pays de l’OTAN, le mécanisme de fonds d’affectation spéciale a aussi été ouvert aux autres partenaires mondiaux de l’OTAN.
Au mois de septembre 2012, les projets faisant appel à un fonds d’affectation spéciale avaient permis de détruire 119 millions de munitions d’armes de petit calibre, 4,2 millions de mines terrestres, 2 millions de grenades à main, 621 000 munitions explosives non explosées (UXO), 446 000 armes légères et de petit calibre, 20 000 tonnes de munitions diverses (dont 9 300 tonnes d’armes à sous-munitions), 9 300 roquettes et missiles, 2 620 tonnes de produits chimiques, y compris du comburant pour moteurs de fusée (melanj) et plus de 1 100 systèmes antiaériens portables (MANPADS). En outre, quelque 11 800 anciens militaires ont bénéficié d’une aide à la reconversion grâce à des projets de transformation de la défense faisant appel à des fonds d’affectation spéciale.
La destruction de stocks excédentaires d'armes et de munitions réduit la menace à laquelle sont exposés les différents pays partenaires et les régions avoisinantes. Elle garantit aussi que ce type de matériel ne tombera pas aux mains de terroristes et de criminels.