Les relations de travail entre les Nations Unies et l’Alliance étaient limitées pendant la Guerre froide. Les choses ont changé en 1992 quand les Balkans occidentaux sont devenus le théâtre de conflits de plus en plus graves. Du fait du rôle que chaque organisation jouait dans le domaine de la gestion des crises, elles ont été amenées à intensifier leur coopération pratique sur le terrain dans cette région.
Instaurer la paix dans l'ex-Yougoslavie
En juillet 1992, des navires de l'OTAN appartenant à la Force navale permanente de l'Alliance en Méditerranée ont, avec le soutien d'avions de patrouille maritime de l'OTAN, engagé dans l'Adriatique des opérations de surveillance à l'appui de l'embargo sur les armes décrété par les Nations Unies à l'encontre de toutes les républiques de l'ex-Yougoslavie. Quelques mois plus tard, en novembre, l'OTAN et l'Union de l'Europe occidentale (UEO) ont entamé des opérations destinées à faire respecter les résolutions adoptées par le Conseil de sécurité de l’ONU afin de prévenir une escalade du conflit.
En décembre 1992, les ministres des Affaires étrangères des pays de l'OTAN ont déclaré officiellement que l'Alliance était prête à soutenir les opérations de maintien de la paix menées sous l'autorité du Conseil de sécurité de l’ONU. Un certain nombre de mesures ont ensuite été appliquées, notamment des opérations maritimes conjointes menées sous l'autorité des Conseils de l'OTAN et de l'UEO, des opérations aériennes menées par l'OTAN, un appui aérien rapproché pour la Force de protection des Nations Unies (FORPRONU), des frappes aériennes destinées à protéger les « zones de sécurité » instaurées par l'ONU et l'établissement de plans de circonstance pour d'autres options que pourraient adopter les Nations Unies.
Après la signature de l'Accord-cadre général de paix en Bosnie-Herzégovine (l'accord de Dayton) le 14 décembre 1995, les Nations Unies ont donné mandat à l'OTAN, sur la base de la résolution 1031 du Conseil de sécurité, de mettre en œuvre les aspects militaires de l'accord de paix. Première mission de maintien de la paix menée par l'Alliance, la Force de mise en œuvre (IFOR) a entamé ses opérations en Bosnie-Herzégovine en décembre 1995 pour remplir ce mandat. Un an plus tard, elle était remplacée par une Force de stabilisation (SFOR), également dirigée par l'OTAN. Les deux forces multinationales ont, pendant toute la durée de leur mandat respectif, travaillé en étroite collaboration avec d'autres organisations internationales et agences humanitaires sur le terrain, y compris celles relevant des Nations Unies, telles que le Haut Commissariat des Nations Unies pour les réfugiés (HCR) et le Groupe international de police (GIP) de l'ONU.
Dès le début du conflit au Kosovo, en 1998, et tout au long de la crise, des contacts étroits ont été maintenus entre le secrétaire général de l’ONU et le secrétaire général de l'OTAN. Des actions ont été menées par l'Alliance à l'appui des résolutions du Conseil de sécurité des Nations Unies pendant et après le conflit. La Force de paix au Kosovo (KFOR) a été déployée sur la base de la résolution 1244 adoptée le 12 juin 1999 pour assurer une présence internationale de sécurité, condition préalable à la paix et à la reconstruction du Kosovo. Pendant toute la durée de son déploiement, la KFOR a travaillé en étroite collaboration avec la Mission d'administration intérimaire des Nations Unies au Kosovo (MINUK) ainsi qu’avec d’autres intervenants aux niveaux international et local.
En 2000 et 2001, l’efficacité de la coopération entre l'OTAN et les Nations Unies a permis de contenir les grandes dissensions ethniques apparues dans le sud de la Serbie et de prévenir une véritable guerre civile dans l'ex-République yougoslave de Macédoine1.
L’Afghanistan
La coopération entre l’OTAN et l’ONU joue un rôle clé en Afghanistan. L’Alliance a pris officiellement, en août 2003, le commandement de la Force internationale d'assistance à la sécurité (FIAS), force placée sous mandat de l'ONU. Chargée à l’origine d’assurer la sécurité à Kaboul et aux abords de la capitale, la FIAS a ensuite été autorisée par une série de résolutions du Conseil de sécurité de l’ONU à étendre sa présence à d'autres régions du pays afin d’accroître l'autorité du gouvernement central et de faciliter le développement et la reconstruction.
L’OTAN et la FIAS travaillent en étroite collaboration avec la Mission d'assistance des Nations Unies en Afghanistan (MANUA) et d’autres acteurs internationaux qui soutiennent la gouvernance, la reconstruction et le développement. Cette étroite coopération a pour cadre l’Afghanistan, mais aussi les capitales des pays membres de l’ONU et de l’OTAN. Les deux organisations participent au Conseil commun de coordination et de suivi (JCMB), qui est chargé de superviser l’application du Pacte pour l’Afghanistan, et elles président, avec le gouvernement afghan, le Comité directeur exécutif et d’autres organes regroupant l’Afghanistan et la communauté internationale.
La coopération pratique s’exerce entre la MANUA, la FIAS et le haut représentant civil de l’OTAN à Kaboul pour ce qui concerne les questions civilo-militaires, comme la planification opérationnelle. En dehors de la ville de Kaboul, une coopération civilo-militaire étroite s’exerce aussi entre la MANUA et la FIAS dans les provinces où ces deux entités sont présentes. Cette coopération pratique se développe à présent de manière globale dans le cadre de l’approche intégrée qu’applique la MANUA dans certains districts afghans prioritaires.
L’Iraq
Aux termes de la résolution 1546 du Conseil de sécurité de l’ONU et à la demande du gouvernement intérimaire iraquien, l'OTAN a fourni une aide à la formation et à l'équipement des forces de sécurité iraquiennes dans le cadre de la mission OTAN de formation en Iraq (NTM-I), entre 2004 et fin 2011.
Le soutien des missions de l’Union africaine
En juin 2005, à la demande de l'Union africaine (UA) et en étroite coordination avec les Nations Unies et l'Union européenne, l'OTAN a accepté d'apporter son soutien à la Mission de l’Union africaine au Soudan (MUAS), qui tente de mettre un terme à la violence persistante dans la région du Darfour. L'OTAN a apporté son concours à cette mission en assurant le transport aérien de soldats de la paix des pays africains fournisseurs de contingents dans la région, et elle a également contribué à former les troupes de l'Union africaine à l'administration d'un quartier général multinational et à la gestion du renseignement.
À la demande de l’Union africaine, l’OTAN a accepté en 2007 d’aider la Mission de l’Union africaine en Somalie (AMISOM) en fournissant un soutien aérien aux États membres de l’UA disposés à participer à cette mission. L'OTAN aide aussi l’Union africaine à renforcer les capacités par l’intermédiaire d’un bureau de liaison militaire de haut niveau établi à Addis-Abeba. L’Alliance protège aussi les navires de l’ONU qui ravitaillent l’AMISOM.
La lutte contre la piraterie
En octobre 2008, l’OTAN a répondu positivement au secrétaire général de l’ONU qui lui demandait de déployer des navires au large des côtes de la Somalie afin de décourager les actes de piraterie et d’escorter les navires marchands acheminant l’aide fournie par le Programme alimentaire mondial.
La Libye
Le 27 mars, les Alliés ont décidé de prendre en charge l’ensemble de l’opération militaire en Libye au titre de la résolution 1973 du Conseil de sécurité de l’ONU. L’objectif de cette opération, désignée Unified Protector, était de protéger les populations et les zones civiles menacées d’attaque. L’OTAN a mis en œuvre tous les aspects militaires de la résolution de l’ONU. Les Alliés ont agi rapidement et résolument pour faire respecter l’embargo sur les armes et la zone d’exclusion aérienne prévus dans la résolution, et pour prendre d’autres mesures visant à protéger les populations et les zones civiles menacées d’attaque. L’opération Unified Protector s’est achevée avec succès le 31 octobre 2011.