L’OTAN a commencé à soutenir l’Union africaine en 2005, en apportant une aide à la mission de l’UA au Soudan (MUAS). Il s'est agi de la première mission de l’Alliance sur le continent africain. Cette mission a fait suite à une décision historique prise par le Conseil de l'Atlantique Nord. Depuis, l’OTAN s’est engagée à soutenir d’autres missions et d’autres objectifs de l’UA.
Aider l’Union africaine en Somalie
L’OTAN a accepté d’aider la mission de l’Union africaine (UA) en Somalie (AMISOM) en apportant un soutien dans le domaine du transport aérien et du transport maritime aux États membres de l’UA disposés à déployer des forces en Somalie dans le cadre de cette mission. Ainsi, l’OTAN a mis en place un soutien aérien du Burundi à Mogadiscio ; elle a aussi escorté un bâtiment de l’UA qui transportait des équipements militaires burundais destinés à l’un des bataillons transférés par voie aérienne à Mogadiscio.
L’OTAN a aussi mis des experts à la disposition de la PSOD qui appuie l’AMISOM. Ces experts offrent des compétences dans divers domaines : planification maritime, planification stratégique, planification et suivi en matière financière, coordination des mouvements aériens, logistique, systèmes d’information et de communication, gestion du personnel militaire et planification de circonstance. Outre cet appui en matière logistique et de planification, l’OTAN est membre du Groupe de contact international pour la Somalie. C’est en juin 2009 qu’elle a été invitée pour la première fois à assister aux réunions de ce Groupe, auxquelles elle participe régulièrement depuis lors.
Contribuer à la création d’une Force africaine en attente
L’OTAN a fourni, à la demande de l’UA, un soutien sous la forme d’experts et de formateurs pour la Force africaine en attente (FAA). Elle apporte un soutien au renforcement des capacités, par le biais de stages et d’exercices d’entraînement, et elle organise en outre un appui, sous diverses formes, à l’opérationnalisation de la FAA, toujours à la demande de l’Union africaine.
La FAA, qui devrait être déployée en Afrique en période de crise, s'inscrit dans le cadre des efforts que l’UA déploie dans le but de développer ses capacités de maintien de la paix à long terme. La FAA représente la vision de l’UA d’un dispositif continental de sécurité, disponible sur appel, et présentant des points de ressemblances avec la force de réaction de l’OTAN. L’OTAN aide, en particulier, l’UA à conduire les processus d’évaluation liés en rapport avec l’état de préparation opérationnelle des brigades de la FAA. Cette force continentale devrait atteindre sa pleine capacité opérationnelle d’ici 2015, et pourrait être considérée comme une contribution africaine à l’action plus large menée par la communauté internationale pour préserver la paix et la sécurité.
Aider l’Union africaine au Darfour (Soudan)
La Mission de l’Union africaine au Soudan (MUAS) a pour but de mettre un terme à la violence qui sévit dans cette région depuis l’éclatement d’un conflit en 2003, et d’y améliorer la situation humanitaire.
Depuis le mois de juin 2005 jusqu’au 31 décembre 2007, l’OTAN a aidé l’UA à étendre sa mission de maintien de la paix au Darfour en fournissant des moyens aériens pour le transport d’un plus grand nombre de soldats de la paix dans la région et en dispensant une formation au personnel de l’UA. Le soutien de l’OTAN n’impliquait pas la fourniture de troupes de combat.
L’Alliance a cessé d’apporter son soutien à la Mission de l’Union africaine au Soudan le 31 décembre 2007, date à laquelle est intervenu le passage de la MUAS à l’opération hybride UA/ONU au Darfour (MINUAD). Elle s’est déclarée prête à envisager, si on le lui demande, d’apporter un soutien à la nouvelle force de maintien de la paix hybride ONU-UA constituée de soldats de la paix et de policiers civils.