L'équipe d'évaluation interarmées CBRN et le bataillon CBRN sont placés sous le commandement stratégique du commandant suprême des forces alliées en Europe (SACEUR). Le contrôle opérationnel est délégué à un commandement subordonné, en fonction des besoins.
Le Commandement allié Transformation de l'OTAN établit les normes d'évaluation, apporte un soutien pour l'entraînement, détermine les futurs besoins de défense NBC et développe des capacités.
Le bataillon est composé de personnels provenant de plusieurs pays de l'OTAN, qui se tiennent en attente pendant une période de six mois, qui sera portée à l'avenir à douze mois (appelée « rotation »). Comme dans le cas de la Force de réaction de l'OTAN (NRF), les personnels désignés pour constituer le bataillon restent basés dans leur pays, et ils se réunissent pour l'entraînement et le déploiement.
Un pays volontaire joue le rôle de chef de file pour chaque rotation. Il accueille l'équipe d'évaluation interarmées et le quartier général du bataillon CBRN en charge des dispositions à prendre pour le commandement et le contrôle, de la tenue à jour des procédures opérationnelles standard, du maintien de l'état de préparation, ainsi que de la planification et de la conduite d'entraînements. Les pays contributeurs mettent des capacités fonctionnelles à disposition. Ils fournissent ainsi les troupes, l'équipement et le soutien logistique nécessaires, conformément aux besoins de la mission. La force opérationnelle de défense est composée d’éléments séparés mais complémentaires, qui peuvent être déployés à différents stades et selon différentes combinaisons pour répondre aux besoins de chaque mission.
Elle se compose des éléments suivants :
- une équipe d'évaluation interarmées. Elle est composée de spécialistes qui fournissent des avis et un soutien sur les questions CBRN ;
- un quartier général de commandement et de contrôle. Il s'agit d'une capacité de commandement et de contrôle adaptée, dotée d'un système de communication efficace destiné à soutenir les organisations qui lui sont assignées ou rattachées ;
- un système de reconnaissance. Il est conçu pour permettre la détection et l'identification d'agents CBRN sur un itinéraire, sur zone ou sur un point précis ;
- une unité de décontamination. Il s'agit d'une capacité de décontamination du personnel et du matériel ;
- des laboratoires d'analyse CBRN déployables. Ils sont conçus pour fournir des avis d'experts sur l'échantillonnage, l'analyse et les questions scientifiques, à l'appui des commandants opérationnels.
Le bataillon est étroitement lié à la Force de réaction de l'OTAN (NRF). Il peut être déployé de manière indépendante, mais il est compatible avec elle et la complète. Son effectif est compris dans la structure de forces de la NRF et peut être déployé dans un délai de 5 à 30 jours.