Une guerre de quatre ans a commencé en Bosnie-Herzégovine, à la suite de l'éclatement de la Yougoslavie (Bosnie-Herzégovine, Croatie, ex-République yougoslave de Macédoine¹, Monténégro, Serbie et Slovénie), à la fin de la guerre froide.
L'engagement de l'OTAN en Bosnie-Herzégovine a débuté en 1992. Au mois de juin, les ministres des Affaires étrangères des pays de l'Alliance ont annoncé qu'ils étaient prêts à soutenir, au cas par cas, des activités de maintien de la paix sous la responsabilité de la Conférence sur la sécurité et la coopération en Europe (CSCE, rebaptisée par la suite Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe, ou OSCE). Un mois plus tard, en juillet 1992, des navires de l'OTAN commençaient à surveiller les opérations menées en Adriatique à l'appui des résolutions 713 et 757 du Conseil de sécurité des Nations Unies, qui imposaient un embargo sur les armes ainsi que des sanctions à l'encontre de l'ex-Yougoslavie.
En octobre 1992, des avions du système aéroporté de détection et de contrôle (AWACS) de l'OTAN ont entamé des opérations de surveillance à l'appui de la résolution 781 du Conseil de sécurité des Nations Unies, qui avait établi une zone d'exclusion aérienne au‑dessus de la Bosnie-Herzégovine, et en novembre, l'OTAN et l'Union de l'Europe occidentale ont commencé à appliquer les sanctions et l'embargo imposés par la résolution 787 du Conseil de sécurité des Nations Unies. À la fin de l'année, l'OTAN déclarait qu'elle était prête à appuyer des opérations de maintien de la paix sous l'autorité des Nations Unies.
Le tout premier engagement militaire de l'OTAN...
En avril 1993, après que les Nations Unies eurent autorisé l'imposition d'une zone d'exclusion aérienne au-dessus de la Bosnie-Herzégovine, l'OTAN a lancé l'opération Deny Flight. Le 28 février 1994, quatre avions de combat qui violaient cette zone ont été abattus par des avions de l'OTAN. Il s'agissait pour l'Alliance du premier engagement militaire de son histoire.
À la demande des Nations Unies, l'OTAN a fourni un appui aérien rapproché au sol à la Force de protection des Nations Unies (FORPRONU) et elle a procédé à des frappes aériennes afin de protéger les zones de sécurité désignées par l'ONU. Ces frappes ont été dirigées contre des cibles telles que des chars, des dépôts de munitions et des radars de défense aérienne.
Les opérations aériennes menées par l'OTAN contre les positions des Serbes de Bosnie en août et septembre 1995 ont permis d'ouvrir la voie à la conclusion d'un accord de paix global. Cette opération, Deliberate Force, quia duré douze jours, a contribué à rééquilibrer le pouvoir entre les parties sur le terrain et à persuader les dirigeants des Serbes de Bosnie que la négociation d'un accord de paix leur serait plus profitable que la poursuite de la guerre.
Le 14 décembre 1995, à la suite des négociations qui se sont déroulées à Dayton (Ohio), l'Accord-cadre général pour la paix a été signé à Paris. L'Accord de paix de Dayton a établi la Bosnie-Herzégovine en tant qu'État unitaire, démocratique et multiethnique, composé de deux entités, la Fédération de Bosnie-Herzégovine et la Republika Srpska.
… et la première grande opération de réponse aux crises
L'IFOR a été la toute première opération de réponse aux crises entreprise par l'Alliance. Elle a été lancée pour assurer la mise en œuvre des aspects militaires de l'Accord de paix de Dayton, lorsque l'OTAN a assumé, à la place de la FORPRONU, la responsabilité des opérations militaires en Bosnie-Herzégovine. Au moment des élections de septembre 1996 tenues en Bosnie-Herzégovine, l'IFOR avait pour l'essentiel atteint les objectifs qui lui avaient été fixés. Toutefois, comme la situation demeurerait potentiellement instable et qu'il restait encore beaucoup à faire dans le domaine civil, l'OTAN a décidé de déployer une nouvelle force, la Force de stabilisation (SFOR), à partir de décembre 1996.
Transfert de la mission à l'Union européenne
Au sommet de l’OTAN qui s'est tenu à Istanbul en juin 2004, eu égard à l'amélioration de la situation dans le domaine de la sécurité en Bosnie-Herzégovine et dans l'ensemble de la région, les dirigeants des pays de l'Alliance ont décidé de mettre un terme à la mission de la SFOR pour la fin de l'année.
La mission de la SFOR s'est terminée officiellement le 2 décembre 2004. Une force dirigée par l'Union européenne, désignée sous le nom d'Opération Althea, a été déployée pour lui succéder. L'Alliance apporte son soutien à l'opération dirigée par l'UE dans les domaines de la planification, de la logistique et du commandement, conformément à l'ensemble d'arrangements connus sous le nom de « Berlin plus ». Ces arrangements constituent le cadre général de la coopération entre l'UE et l'OTAN.
QG de l’OTAN (Sarajevo)
La mission militaire OTAN de liaison et de consultation (quartier général militaire de l'OTAN à Sarajevo) a pour mission principale d'aider la Bosnie-Herzégovine dans le domaine de la réforme du secteur de la défense. Elle vise aussi à aider le pays à répondre aux impératifs qu'impose la participation au programme du Partenariat pour la paix (PPP) de l'OTAN.
Le QG de l'OTAN à Sarajevo entreprend aussi certaines tâches opérationnelles, qui consistent notamment à lutter contre le terrorisme tout en veillant à la protection des forces, à apporter son soutien au Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie (TPIY), y compris pour l'arrestation des personnes accusées de crimes de guerre, et à partager des données du renseignement avec l'Union européenne. En bref, le QG de l'OTAN à Sarajevo complète, en y ajoutant les compétences spécifiques de l'OTAN, le travail effectué par la mission de l'UE.